Overwegingen
1. Op grond van de artikelen 91, 92 en 93 van Verordening (EU) nr. 1306/2013 van het Europees Parlement en de Raad van 17 december 2013 inzake de financiering, het beheer en de monitoring van het gemeenschappelijk landbouwbeleid (Verordening 1306/2013) dient een landbouwer die rechtstreekse betalingen ontvangt de in bijlage II genoemde, uit de regelgeving voortvloeiende beheerseisen in acht te nemen. In deze bijlage wordt verwezen naar onder meer artikel 7 van Verordening (EG) nr. 1760/2000 van het Europees Parlement en de Raad van 17 juli 2000 tot vaststelling van een identificatie- en registratieregeling voor runderen en inzake de etikettering van rundvlees en rundvleesproducten (Verordening 1760/2000).
2. Het College stelt voorop dat op grond van de hiervoor weergegeven bepalingen de volledige betaling van de door de landbouwer aangevraagde rechtstreekse landbouwsteun afhankelijk is gesteld van de naleving van regels op het gebied van milieu, voedselveiligheid, diergezondheid en dierenwelzijn en eisen inzake een goede landbouw- en milieuconditie. Bij niet-naleving van deze randvoorwaarden wordt het steunbedrag gekort of ingetrokken.
3. Aan het primaire besluit heeft verweerder ten grondslag gelegd dat appellante bij 19 runderen opzettelijk niet heeft gemeld dat ze hebben gekalfd. In het bestreden besluit heeft verweerder dit gehandhaafd, onder vermelding dat appellante de verplichting ten aanzien van runderen tot het centraal melden van mutaties aan het I&R-gegevensbestand, het hebben van een bedrijfsregister, voorschriften wat er in het bedrijfsregister vermeld moet worden en termijnen die moeten worden aangehouden, niet heeft nageleefd.
4. In het verweerschrift heeft verweerder aangegeven dat de randvoorwaardenkorting is gebaseerd op niet-gemelde doodgeboorten en dat het bestreden besluit niet in stand kan blijven, gelet op de uitspraak van het College van 22 december 2020 (ECLI:NL:CBB:2020:1032). Volgens verweerder is het beroep daarom gegrond. Daarbij verzoekt verweerder om de rechtsgevolgen in stand te laten, omdat sprake is van 21 opzettelijk onjuiste meldingen die eveneens een korting van 80% rechtvaardigen. Verweerder stelt met het verweerschrift de motivering van het bestreden besluit te wijzigen.
5. Het College stelt vast dat verweerder in het verweerschrift afstand heeft gedaan van de motivering die hij aan het bestreden besluit ten grondslag heeft gelegd. Gelet hierop berust het bestreden besluit in strijd met artikel 7:12, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) niet op een deugdelijke motivering. Het beroep is gegrond en het bestreden besluit dient te worden vernietigd.
6. Voorts stelt het College vast dat verweerder – in het kader van het verzoek om de rechtsgevolgen in stand te laten op grond van artikel 8:72, derde lid, onder a, van de Awb – in het verweerschrift een uiteenzetting heeft gegeven van de rechtmatigheid van de randvoorwaardenkorting die gebaseerd is op een andere grondslag en een ander feitencomplex dan waarvan verweerder in het voornemen, het primaire besluit en het bestreden besluit is uitgegaan. Wat betreft de wettelijke grondslag heeft verweerder zich weliswaar steeds op artikel 7 van Verordening 1760/2000 beroepen, maar zoals volgt uit eerdergenoemde uitspraak van 22 december 2020 kon verweerder die bepaling niet ten grondslag leggen aan een randvoorwaardenkorting vanwege het niet melden van doodgeboorten. Dat is ook de reden waarom verweerder in het verweerschrift de nadere uiteenzetting heeft gegeven. Die nadere uiteenzetting heeft echter ook betrekking op andere kalveren en andere moederdieren dan waarvan verweerder in het voornemen, het primaire besluit en het bestreden besluit is uitgegaan. Aanvankelijk heeft verweerder namelijk als niet-naleving aangemerkt dat op het bedrijf van appellante 19 runderen aanwezig waren waaraan geen van de kalveren op het bedrijf kon worden gekoppeld, terwijl de runderen wel melk gaven. Verweerder heeft daaruit geconcludeerd dat de runderen een onbekend of een doodgeboren kalf hadden gekregen. De uiteenzetting in het verweerschrift is erop gebaseerd dat op het bedrijf 21 kalveren aanwezig waren, waarvoor appellante een onjuist moederdier had opgegeven. Een deel van de kalveren kon door DNA-onderzoek alsnog worden gekoppeld aan het juiste moederdier dat op het bedrijf aanwezig was, en voor de overige kalveren is het moederdier onbekend gebleven. De ene groep runderen ten aanzien waarvan verweerder aanvankelijk nietnaleving heeft vastgesteld, sluit zo bezien dus de groep runderen uit ten aanzien waarvan verweerder thans meent dat sprake is van niet-naleving.
7. Gelet op het voorgaande is sprake van een zodanig wezenlijke wijziging van de grondslag en het feitencomplex van de randvoorwaardenkorting, dat met de door verweerder beoogde toepassing van artikel 8:72, derde lid, onder a, van de Awb buiten de omvang van de eerdere besluitvorming wordt getreden. Om die reden zal het College de rechtsgevolgen van het bestreden besluit niet in stand laten, maar ziet het daarin aanleiding om met toepassing van artikel 8:72, derde lid, onder b, van de Awb het primaire besluit te herroepen.
8. Hetgeen appellante verder tegen het bestreden besluit heeft aangevoerd behoeft geen bespreking meer.
9. Appellante heeft verzocht om een vergoeding van de kosten voor het in haar opdracht uitgevoerde DNA-onderzoek. Ingevolge artikel 8:88, eerste lid, aanhef en onder a, van de Awb is de bestuursrechter bevoegd op verzoek van een belanghebbende een bestuursorgaan te veroordelen tot vergoeding van schade die de belanghebbende lijdt of zal lijden als gevolg van een onrechtmatig besluit. Het College stelt vast dat het DNA-onderzoek is uitgevoerd om opheffing te bewerkstelligen van de bedrijfsblokkade per 9 februari 2018. Pas daarna heeft verweerder appellante in kennis gesteld van het voornemen een randvoorwaardenkorting op te leggen. De door appellante gestelde schade is daarom geen gevolg van de nu onrechtmatig geoordeelde randvoorwaardenkorting.
10. Appellante heeft ook verzocht om een schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6 van het Europees Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden. In een niet-punitieve procedure geldt als uitgangspunt dat de bezwaar- en beroepsfase tezamen niet langer mogen duren dan twee jaar. De redelijke termijn neemt een aanvang met de ontvangst van het bezwaarschrift door verweerder. Het bezwaarschrift van appellante is door verweerder ontvangen op 18 december 2019. Nu ten tijde van het doen van deze uitspraak de termijn van twee jaar niet was overschreden, is er geen reden om hiervoor schadevergoeding toe te kennen.
11. Het College veroordeelt verweerder in de door appellante gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt het College op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht (Bpb) voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 2.564,- (1 punt voor het indienen van het bezwaarschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 534,- en een wegingsfactor 1 en 1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 748,- en een wegingsfactor 1). Het College ziet geen aanleiding om een integrale proceskostenvergoeding toe te kennen. Artikel 2, derde lid, van het Bpb biedt ruimte om van de forfaitaire kostenvaststelling af te wijken als sprake is van bijzondere omstandigheden. Daarvan is in dit geval niet gebleken.