Overwegingen
1. In geschil is of verweerder de hoorplicht heeft geschonden, of de regeling omtrent de vergoeding van de rente in strijd is met het Unierecht en of de redelijke termijn is overschreden.
Beoordeling van het geschil
2. Eiser is niet uitgenodigd voor een hoorgesprek in deze zaak. Eiser heeft in meer zaken bezwaar gemaakt. Verweerder heeft aangevoerd dat diverse hoorgesprekken hebben plaatsgevonden, maar heeft niet toegelicht op welk moment de onderhavige zaak aan de orde is gekomen. De rechtbank is dan ook van oordeel dat niet aannemelijk is geworden dat in deze zaak een hoorgesprek heeft plaatsgevonden, waarmee verweerder de hoorplicht heeft geschonden.
3. De rechtbank is evenwel van oordeel dat aan de schending van de hoorplicht voorbijgegaan kan worden met toepassing van artikel 6:22 van de Algemene wet bestuursrecht. Eiser is niet in zijn belangen geschaad, nu inhoudelijk volledig aan het beroep is tegemoetgekomen, behoudens ten aanzien van het verzoek om toekenning van een integrale kostenvergoeding. Nu de feiten tussen partijen niet in geschil zijn, alleen de daaraan te verbinden juridische gevolgen, acht de rechtbank het aannemelijk dat eiser door het niet-horen niet is benadeeld.
4. Tussen partijen is niet in geschil dat de nageheven belasting in strijd met het Unierecht is geheven. Eiser heeft recht op een passende vergoeding voor het verlies dat hij als gevolg van de onverschuldigde betaling heeft geleden.
5. Voor zover verweerder zich op het standpunt stelt dat artikel 28c van de Invorderingswet (hierna: IW) reeds voorziet in een passende vergoeding, verwijst de rechtbank naar haar uitspraak van 11 februari 2016, ECLI:NL:RBGEL:2016:707. Daarin heeft de rechtbank geoordeeld dat de regeling van artikel 28c van de IW in strijd is met het doeltreffendheidsbeginsel en het gelijkwaardigheidsbeginsel, kort gezegd omdat er een afzonderlijk verzoek moet worden ingediend, bovendien bij een ander bestuursorgaan (met alle mogelijke complicaties van dien) en gekoppeld aan een beperkte periode. Dat het uitvoeringstechnisch moeilijk is dit anders op te lossen, maakt dit niet anders. Op dezelfde gronden als in voormelde zaak van 11 februari 2016 bepaalt de rechtbank daarom zelf dat rente moet worden vergoed over het tijdvak dat aanvangt op de dag na die van de betaling van de onverschuldigde BPM, berekend naar de toepasselijke rentevoet als bedoeld in de Algemene wet inzake rijksbelastingen. Anders dan eiser ziet de rechtbank geen grond om prejudiciële vragen aan het HvJ te stellen, nu het HvJ zich in het arrest Irimie van 18 april 2013, C-565/11, ECLI: EU:C:2013:250, al duidelijk over de kwestie heeft uitgelaten.
6. Naar het oordeel van de rechtbank heeft eiser niet aannemelijk gemaakt dat hij schade heeft geleden als gevolg van de wettelijke regeling, nu de hoogte van de rente correct is vastgesteld en evenmin in geschil is dat de nageheven belasting in strijd met het Unierecht is geheven. Voor een vergoeding van schade op grond van onrechtmatige daad bestaat reeds om die reden geen aanleiding.
Overschrijding van de redelijke termijn
7. Eiser heeft verzocht om een immateriële schadevergoeding vanwege overschrijding van de redelijke termijn.
8. Uit de arresten van de Hoge Raad van 10 juni 2011, ECLI:NL:HR:2011:BO5046, 9 augustus 2013, ECLI:NL:HR:2013:199, en 19 februari 2016, ECLI:NL:HR:2016:252, volgt dat de rechtszekerheid als algemeen aanvaard rechtsbeginsel dat aan artikel 6 van het Verdrag tot bescherming van de Rechten van de Mens en de fundamentele vrijheden mede ten grondslag ligt, ertoe noopt dat ook de beslechting van belastinggeschillen binnen een redelijke termijn plaatsvindt. Een overschrijding van die termijn leidt, behoudens bijzondere omstandigheden, in de regel tot spanning en frustratie, wat grond vormt voor vergoeding van immateriële schade, aldus de Hoge Raad. Voor een uitspraak in eerste aanleg heeft te gelden dat deze niet binnen een redelijke termijn geschiedt indien de rechtbank niet binnen twee jaar nadat die termijn is aangevangen uitspraak doet, tenzij sprake is van bijzondere omstandigheden. In deze termijn is de duur van de bezwaarfase inbegrepen. In belastingzaken heeft als regel te gelden dat de bezwaarfase onredelijk lang heeft geduurd voor zover de duur daarvan een half jaar overschrijdt en de beroepsfase voor zover deze meer dan anderhalf jaar in beslag neemt.
9. De ontvangstdatum van het bezwaarschrift is 1 juni 2011. De termijn is geëindigd met deze uitspraak. Sinds de ontvangst van het bezwaarschrift zijn meer dan twee jaren verstreken.
10. De rechtbank ziet aanleiding de redelijke termijn te verlengen. Dit houdt verband me het feit dat er een procedure bij het gerechtshof is gevoerd. De tijd die daarmee gemoeid is wordt buiten beschouwing gelaten voor de berekening van de duur van de overschrijding. Daarmee sluit de rechtbank aan bij de overwegingen van de Hoge Raad in het voormelde arrest van 19 februari 2016 die betrekking hebben op de situatie dat een verzet ongegrond wordt verklaard, de Hoge Raad het cassatieberoep gegrond verklaart en de zaak terugwijst naar de rechtbank voor verdere afdoening (zie r.o. 3.4.2. onder ii). Ook in dit geval heeft nog geen inhoudelijke behandeling van de zaak plaatsgevonden. Daarom sluit deze benadering het best bij de uitgangspunten van de Hoge Raad aan en wordt niet een extra termijn gerekend, zoals bij verwijzing door de Hoge Raad wel gebeurt.
11. De totale behandelduur in bezwaar en beroep bedraagt gelet hierop afgerond drie jaren en tien maanden. De bezwaartermijn heeft in totaal een jaar en bijna zeven maanden geduurd, de beroepstermijn in totaal twee jaren en drie maanden. De overschrijding van de redelijke termijn bedraagt daarmee in totaal zestien maanden, oftewel meer dan een jaar, maar minder dan anderhalf jaar. Daarvan is een periode van dertien maanden toe te rekenen aan de bezwaarfase en een periode van drie maanden aan de beroepsfase.
12. In de beroepsfase is echter geen financieel belang meer in geschil. Weliswaar is de zaak inhoudelijk aan de rechtbank voorgelegd, maar dit betreft slechts de schending van de hoorplicht, de formele wijze van vaststelling van de rente (niet de hoogte daarvan) en de hoogte van de (proces)kostenvergoeding. Dit laatste zou weliswaar als financieel belang beschouwd kunnen worden, maar voor de vraag of vergoeding dient te volgen in verband met de overschrijding van de redelijke termijn neemt de rechtbank het financiële belang in aanmerking dat voortvloeit uit een vermindering van de belastingschuld (het eigenlijke geschil). Het financiële belang dat verbonden is met de hoogte van de kostenvergoeding voor de bezwaarprocedure of met de vordering tot vergoeding van immateriële schade wordt niet in aanmerking genomen. De veronderstelde spanning en frustratie kunnen naar het oordeel van de rechtbank naar hun aard slechts betrekking hebben op het materiële geschil: eiser is van mening dat hij te veel heeft betaald. Daarom maakt hij bezwaar en komt hij in beroep, niet om een kostenvergoeding voor het bezwaar te krijgen. Gelet op het arrest van de Hoge Raad van 29 november 2013, ECLI: NL:HR:2013:1361 volstaat dan de constatering dat de redelijke termijn is overschreden. Voor de beroepsfase zal de rechtbank aldus doen. Overigens maakt dit voor de hoogte van de vergoeding geen verschil, nu reeds in de bezwaarfase de overschrijding meer dan een jaar bedroeg. Het heeft alleen gevolgen voor de verdeling van het bedrag tussen verweerder en de Staat.
13. Als uitgangspunt voor de schadevergoeding wordt een tarief gehanteerd van € 500 per halfjaar dat de redelijke termijn is overschreden. Dit betekent dat eiser recht heeft op een vergoeding van in totaal € 1.500. Het gerechtshof heeft al € 500 toegekend. De rechtbank veroordeelt daarom verweerder tot betaling van een (aanvullende) vergoeding van € 1.000 aan eiser.
14. Gelet op het voorgaande dient het beroep gegrond te worden verklaard.
15. Eiser heeft verzocht om vergoeding van de daadwerkelijk door hem gemaakte proceskosten.
16. Op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht (hierna: Besluit) worden de kosten van door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand in beginsel forfaitair berekend. In bijzondere omstandigheden bestaat de mogelijkheid om een hogere vergoeding toe te kennen. Naar het oordeel van de rechtbank is in dit geval geen sprake van een bijzondere omstandigheid die een integrale proceskostenvergoeding rechtvaardigt.
17. Eiser heeft recht op een forfaitaire vergoeding van de kosten voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand in verband met de behandeling van het bezwaar en het beroep. Deze kosten zijn op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 1.238 (1 punt voor het indienen van het bezwaarschrift met een waarde van € 246, 1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting met een waarde per punt van € 496 en een wegingsfactor 1). De rechtbank ziet geen grond voor de conclusie dat sprake is van samenhang met de andere (vrijwel) gelijktijdig ter zitting behandelde zaken, gelet op de zaakseigen problematiek van de onderhavige zaak. Van overige voor vergoeding in aanmerking komende kosten is de rechtbank niet gebleken.